一般情况下，肛瘘手术是否会有后遗症，需要根据患者的具体病情进行判断。如果出现不适，建议在医生的指导下接受治疗。具体分析如下：
1、会有后遗症
如果患者在手术后出现感染、出血、伤口愈合不良等并发症，这些都可能成为长期的后遗症，影响生活质量。另外，如果手术未能彻底清除瘘管，可能导致肛瘘复发，这也是手术的一种后遗症。
2、不会有后遗症
如果手术彻底清除了瘘管，患者在手术后没有出现其他并发症，且遵循医嘱，进行恰当的休息和饮食调整，定期更换敷料并保持伤口清洁，可能不会出现后遗症。
在日常生活中，应注意养成良好的生活习惯，规律作息、均衡饮食、适量运动。
