一般情况下，患有畸形精子症是否能够自然怀孕，需根据精子的数量和活力进行判断。精子的数量和活力在正常范围内，通常能够自然怀孕；精子的数量和活力低于正常范围，可能难以自然怀孕。如果出现不适症状，建议及时前往医院就诊，在医生的指导下规范治疗。具体分析如下：
如果患者仍有足够的正常精子，并且这些精子的数量和活力都在正常范围内，那么自然怀孕的可能性仍然存在。此外，如果伴侣的生育能力良好，没有其他生育障碍，那么即使精子存在一定程度的畸形，也有可能通过自然方式成功受孕。
如果畸形精子的比例较高，导致正常精子的数量和质量下降，将大幅降低自然怀孕的机会，即使伴侣身体健康，也可能难以通过自然方式怀孕。此外，当精子形态畸形异常严重，影响精子的运动能力和与卵子结合能力时，自然怀孕的概率也可能会下降。
建议避免吸烟、酗酒以及接触化学毒物等不利因素，保持良好的心态，适当运动，提高精子质量。
