一般情况下，如果消化不良不是由胃肠道器质性病变导致的，益生菌通常能治疗。但如果消化不良是由胃肠道器质性病变导致的，益生菌通常不能治疗。具体分析如下：
如果消化不良不是由胃肠道器质性病变导致的，益生菌有助于增加肠道内有益菌数量，抑制有害菌生长，纠正肠道菌群失调。当肠道菌群平衡时，更有利于食物的消化和吸收，可缓解因菌群紊乱导致的消化不良，比如双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等能通过产生短链脂肪酸等物质，为肠道细胞提供能量，促进肠道正常功能的发挥。
如果消化不良是由胃肠道器质性病变，如胃溃疡、十二指肠溃疡、肠道肿瘤等引起，或者是由甲状腺功能减退、糖尿病等全身性疾病导致，益生菌无法去除这些根本病因，也就不能完全治愈消化不良，只能在一定程度上辅助改善肠道功能。
益生菌在保存和服用过程中，应遵循产品说明，避免高温、潮湿等影响益生菌活性的因素。
