一般情况下，先天性甲状腺功能减退可能会影响智力。具体分析如下：
甲状腺激素对脑部的发育很重要，能促进神经细胞的增殖和分化，并调节突触可塑性，从而影响神经系统的生长发育。因此，当甲状腺功能减退时，甲状腺激素水平下降，可能导致神经系统发育迟缓，进而影响智力发育。该病早期可能无明显表现，但一旦出现症状，可能是不可逆的，常表现出智力迟钝、生长发育迟缓及基础代谢低下等症状。
如果能在出生后2个月内及时发现并治疗先天性甲状腺功能减退症，通常不会留下神经系统损害的后遗症，智力基本正常。如果治疗时机延误，患儿的智商可能只能达到正常的80%。治疗后仍需要定期评估患儿的神经发育情况，以便及时发现并处理问题。
为了预防先天性甲状腺功能减退症对智力的影响，孕妇在孕期应保证足够的碘摄入，以避免因碘缺乏而导致的胎儿甲状腺功能低下。对新生儿进行甲状腺功能筛查，以便早发现、早诊断、早治疗。
