现在病原微生物的检测方法丰富多彩。我们常规检测的病原，可以针对病原本身去检测，如使用显微镜，直接检测病原（如细菌、真菌等），但是在临床工作中应用局限，不适用病毒检测。还有一类是培养法，常规的细菌、真菌都可以采用培养技术，但是对于病毒而言，由于培养对实验室条件要求较高，而且也无法满足快速诊断的的要求，所以目前培养法在病毒诊断方面的应用较少，多用于科研实验室。
还有其他方法，比如抗原检测（针对病原微生物）和抗体（针对人体对病原微生物的免疫反应）检测。此外，最重要的，也是今天着重强调的分子生物学检测方法。对于现在的感染性疾病而言，如果医院想让病原微生物诊断水平提高，尽可能满足临床需求，分子生物学检测将会成为一个必不可少的手段。
检测样本采集有哪些注意事项？
流感病毒和一些非典型病原体（比如肺炎衣原体或者鹦鹉热衣原体等），以及病毒不能独立存活繁殖，多存在于粘膜上皮细胞内。因此我们要注意，流感病毒感染，采样的时候就不能轻描淡写的在相应部位轻轻的沾一下，建议稍微用力采集到呼吸道上皮细胞。脱落的上皮细胞可见于所有呼吸道分泌物。强调使用分子生物学方法检测，最主要的一点就是分子生物学检测的灵敏度高，即使原始样本中病原量少也可以检测出来。另外，应注意，有些病原在健康人群是很少存在定植的情况，一般认为健康人群少见甲流、乙流病毒定植，所以在就诊人群中一旦检测出来，同时患者有相关症状的话，即可确诊。其他的呼吸道病毒，比如鼻病毒或呼吸道合胞病毒，在健康人群是有少量定植的，特别是儿童，这时要根据半定量结果，再结合患者本身的症状和免疫状况综合判断。
临床症状的严重程度和病毒量有关，这也解释了为什么说最好不要仅报告一个阴性或阳性的结果，建议分子生物学检测时，报告一个半定量的结果或者在未来随着技术的推进，能够报告一个定量的结果（如采用数字PCR技术），报告样本里含有病毒的量。对于微生物实验室或分子生物学实验室的工作人员来说，由于采集呼吸道样本的时候难于准确定量，可报告给临床一个CT值，即在荧光定量PCR中，扩增曲线开始增高的循环数，CT值越小，说明原始样本的病毒量越高。病毒量与病情相关，最初2-3天达到高峰。当然，有些分子生物学方法，如恒温扩增、扩增产物电泳法检测，是无法提供定量或半定量结果的。
流感病毒实验室检测，样本类型可包括鼻腔分泌物、鼻腔冲洗液、鼻咽拭子、咽拭子、咽冲洗液。
一般而言，咽部采集样本病毒量略低。分子生物学比较灵敏，因此应用的样本种类比较广泛。而抗原检测的灵敏度不高，所以有时如果不是在病毒量高峰时采样或者不是采集的鼻咽部拭子，而只是咽拭子，尤其是医生、护士或者其他相关医疗人员没有严格按照操作在咽部转动3~5周，略微用力的话，都可能导致阳性率下降，患者可能是感染患者，但是没有检测出来。
下呼吸道样本，包括痰液、气管吸出物、Balf，都可以检出病毒。如果怀疑肺炎，从口咽部到下呼吸道采样也可以反映出来。一旦检出，强烈指向患者存在相关部位感染。
因为甲流、乙流以及呼吸道合胞病毒与腺病毒、巨细胞病毒、EB病毒不同，为RNA病毒，容易被环境中RNA酶降解，建议保存于特定样本保存液中送检，其中含有抑制RNA酶的成分，能够减少RNA降解，提高检出的阳性率。
