生理性卵巢囊肿一般在2到3个月左右就会消失。女性在妊娠期间会有生理的黄体囊，如果妊娠后卵巢不排卵，会出现生理性的黄体囊，妊娠三个月后，卵巢囊肿就会自动消失。B超是可以确诊的。病理性的囊肿不能自己消失，如果任由其发展，有可能导致卵巢囊肿蒂扭转，卵巢囊肿破裂，感染，恶变。如果出现病理性囊肿，应尽快进行手术治疗，避免耽误治疗。
生理性卵巢囊肿的消失时间因个体差异而异，但一般来说，大部分生理性卵巢囊肿在1到2个月内会自动消失，也有部分囊肿可能需要3到6个月的时间才会消失。部分生理性卵巢囊肿在观察或采取一定措施后，可能会在较短时间内自行消失。另一些囊肿可能需要更长的时间才能自行消退。每个人的身体状况和生理周期不同，因此囊肿的消失时间也会有所差异。
如果囊肿持续存在或增大，且不能自行消失，应该及时去医院治疗。