结肠炎一般可以通过结肠镜检查、病理活检等方式进行确诊。可发现病灶部位伴有充血水肿，表面残留部分分泌物。还可发现黏膜有单核细胞浸润为主的炎症、溃疡、糜烂。同时还可出现腺体排列紊乱、萎缩。杯状细胞数量减少，有时可见潘氏细胞化生。
坏死性小肠结肠炎确诊方式如下：
1、临床表现：坏死性小肠结肠炎的早期症状可能包括喂养不耐受、腹胀、呕吐、血便或咖啡渣样便、腹部触痛、体温不稳定、呼吸困难、心动过速等。随着病情进展，可能出现肠穿孔、休克、败血症等症状。
2、实验室检查：白细胞计数异常、代谢性酸中毒、血小板减少、血尿素氮和肌酐水平升高可能是坏死性小肠结肠炎的实验室指标。粪便潜血试验阳性也支持诊断。
3、血常规检查：通过检查白细胞、红细胞及血红蛋白的含量，可以初步判断患者的身体状态。坏死性小肠结肠炎患者通常会出现白细胞增多、红细胞和血红蛋白减少的情况。
4、腹部X光：是诊断坏死性小肠结肠炎的重要方式。典型表现为肠壁增厚、气腹、门脉积气、肠梗阻征象。