宝宝发烧39度吃药不退烧可能是只有时间比较短，药物效果还没有挥发出来导致的，可以多喝温开水，能够促进身体的新陈代谢，有助于机体散热。也可能是体内炎症没有得到及时控制，除了退烧的药物，还可以搭配消炎的药物，比如阿莫西林、头孢克肟等。
当宝宝发烧到39度时，需要采取紧急措施进行退烧。可以在医生指导下给宝宝服用退烧药物，如对乙酰氨基酚或布洛芬，但要确保按照医生指导的剂量服用。同时，可以采用物理降温的方法，如使用湿毛巾擦拭宝宝的额头、腋下、腹股沟等部位，或者用温水给宝宝洗澡，以帮助散热。
此外，要注意调整宝宝的饮食，多给宝宝喝水，促进排汗和排尿，帮助降低体温。在退烧过程中，家长应密切观察宝宝的精神状态，如果持续高烧不退或宝宝出现精神萎靡等异常状况，应及时就医，以免延误病情。