医生确诊是甲流还是乙流，首先要考虑的是患者的临床表现，包括实验室检查和临床诊断，其次要确定病毒种类，以及是否存在流行的变异病毒。首先，考虑患者的临床表现。与甲流相比，乙流症状较温和，典型的甲流症状包括发热、头痛、肌肉疼痛、恶心呕吐、肠胃不适等。另外，甲流更可能出现腮腺炎，但乙流很少。因此，患者的临床表现对确诊有着重要的作用。其次，根据实验室检查的结果，可以明确诊断。可以通过血清学检测、分子诊断技术等来确定病毒种类，检测出病毒基因片段，以及流行的变异病毒等。这一检测可以帮助医生确诊是甲流还是乙流。总之，根据病毒种类、临床表现和实验室检查，医生才能确诊是甲流还是乙流。