肠胃炎可进行对因、对症治疗，常采用抗感染、止泻药以及益生菌制剂等药物治疗。对症治疗通常可用蒙脱石散等药止泻；轻度脱水患者可口服补液盐等进行补液治疗；还可使用地衣芽孢杆菌等益生菌制剂缓解病症。如为感染性肠胃炎可进行对因治疗，选择头孢克肟或替硝唑等抗生素以及抗病毒药物进行抗感染治疗。
肠炎的治疗药物因病因不同而有所差异。
对于细菌性肠炎，常用药物包括阿莫西林胶囊，它具有抗菌消炎的效果，有助于炎症消退。
对于腹泻症状严重的患者，可使用蒙脱石散，它具有止血的效果，缓解腹泻。
对于炎症性肠病，如克罗恩病和溃疡性结肠炎，可能需要使用免疫抑制剂，如硫唑嘌呤、环孢素等，以及氨基水杨酸类药物，如柳氮磺吡啶肠溶片、美沙拉嗪肠溶片等，这些药物具有抗菌消炎和免疫抑制作用。
肠道菌群调节剂，如双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等，可以调整肠道菌群平衡，促进肠炎病情好转。