当遭遇口腔溃疡时，患者可以根据具体情况选择合适的科室就诊。一般来说，口腔溃疡的初步就诊可以选择口腔科，因为口腔科是处理口腔疾病的首选科室，涵盖了轻型、重型以及疱疹样口疮等口腔溃疡的诊治。如果医院设有专门的口腔黏膜科，那么该科室通常可以专门负责口腔溃疡的评估和治疗，提供更针对性的服务。
此外，若口腔溃疡与消化系统疾病有关，可以选择消化内科就诊；若伴有自身免疫病，则建议到风湿免疫科就诊。口腔溃疡的长期不愈或反复发作也可能与营养不良、精神紧张等因素有关，营养科和精神科也可以是考虑的科室。
口腔溃疡患者应根据自身病情及医院的科室设置选择合适的科室就诊，以便得到及时、有效的治疗。