根管治疗三年后牙齿再次疼痛，可能由多种原因引起。
1.可能是根管治疗不完善，如存在超充或欠充的情况，导致牙根周围的炎症未能完全消除，引发疼痛。
2.遗漏的根管或残髓炎也可能导致治疗后的牙齿疼痛，特别是在治疗时没有完全清理干净的牙髓组织，可能形成残髓炎，进而引发疼痛。
3.牙齿劈裂也是一个常见原因，根管治疗后的牙齿由于失去了神经血管的供应，质地变得脆弱，容易折断，折断的牙齿会出现咬合不适或咀嚼疼痛。
4.牙周病、龋病、牙龈炎等也可能导致根管治疗后的牙齿疼痛。
针对这些原因，建议及时就医，由专业医生进行诊断并给出合适的治疗方案。