去除脸上扁平疣的方法有多种，具体如下：
1.药物治疗：可外用咪喹莫特乳膏、阿昔洛韦乳膏、氟尿嘧啶软膏等药物，这些药物能阻止病毒复制，从而缓解症状，对扁平疣有治疗作用。此外，维A酸软膏、阿达帕林凝胶等药物也可用于辅助治疗。对于数目较多或久治不愈者，可以口服异维A酸软胶囊、阿昔洛韦片，并应用免疫调节剂如盐酸左旋咪唑片，以促进病情恢复。
2.物理治疗：激光治疗和液氮冷冻是常用的物理疗法。激光治疗通过脉冲光将皮肤上凸起的细胞组织去除，使皮肤变得平整和光滑。液氮冷冻则利用低温使疣体迅速脱落，且治疗过程通常无疼痛感。
3.手术治疗：对于少量扁平疣，可以选择用止血钳夹除，不留瘢痕。
4.中医治疗：中医中药也具有治疗扁平疣的作用，但需要到中医科就诊，辨证论治。