脸上有扁平疣的去除方法主要包括：
1.药物治疗：可以涂抹维A酸类药物、抗病毒药物如咪喹莫特软膏、5-氟尿嘧啶软膏等，这些药物能有效抑制病毒复制，促进疣体消退。但需注意，药物使用应在医生指导下进行，以免产生不良反应。
2.物理治疗：常用的有冷冻疗法、激光治疗和电灼治疗。冷冻疗法利用液氮使疣体组织冷冻坏死脱落；激光治疗则通过脉冲光去除凸起的细胞组织；电灼治疗则利用电火花烧灼疣体。这些物理方法都能快速有效地去除扁平疣，但治疗后需注意保护伤口，避免感染。
3.手术治疗：对于体积较大或难以通过其他方法去除的扁平疣，可考虑手术切除。但手术方法较为创伤性，需权衡利弊后决定。
4.自然疗法：可尝试使用含有角鲨烷、硬脂酸等成分的护肤品或天然草药来缓解症状，但效果因人而异，且需长期坚持。