扁平疣的彻底根治需要综合多种方法，并根据患者的具体情况制定个性化治疗方案。一般来说，以下方法可以帮助去除并根治扁平疣：
1.药物治疗：对于面积较小的扁平疣，可以遵医嘱外部涂抹咪喹莫特乳膏、维A酸软膏等药物，这些药物能够逐渐消除扁平疣。病情严重时，还需配合口服药物治疗，如异维A酸软胶囊等。
2.物理治疗：包括激光治疗和冷冻疗法。激光治疗通过光热原理破坏扁平疣的血管和细胞结构，促进愈合，适用于大面积扁平疣。冷冻疗法则使用液氮使扁平疣冻结并脱落，适用于小面积扁平疣。这些物理治疗方法通常需要多次进行才能完全去除。
3.手术治疗：对于较大且顽固的扁平疣，手术切除可能是一种选择。手术切除通常在局部麻醉下进行，切除疣体后使用缝合线缝合伤口。手术切除可以直接去除扁平疣，并可以对疣体进行病理检查以排除恶性病变。