扁平疣的去除与根治需综合考虑多种方法，具体如下：
1.药物治疗：可外用咪喹莫特乳膏、维A酸软膏等药物，逐步消除疣体。病情严重时，需配合口服药物治疗，如异维A酸软胶囊等。但需注意，药物治疗效果相对较慢，且需遵医嘱，避免不当使用引起副作用。
2.物理治疗：包括冷冻疗法、激光手术等。冷冻疗法通过液氮冷冻使疣体坏死脱落；激光手术则利用光热原理去除疣体，具有精准、恢复快等优点。这些方法通常能较彻底地去除疣体，但需注意操作规范，避免留下疤痕。
3.手术治疗：对于较大的疣体或数量较多的扁平疣，可考虑手术治疗。但手术创伤相对较大，需根据具体情况谨慎选择。
4.提高免疫力：扁平疣的发生与机体免疫力密切相关，因此提高免疫力是预防和治疗扁平疣的重要措施。建议保持健康的生活方式，加强锻炼，增强体质。