眼袋上长扁平疣时，先应避免用手过度刺激或挤压，以防感染或加重病情。接下来，建议到正规医院皮肤科就诊，通过专业医生的诊断确认是否为扁平疣。一旦确诊，可根据病情严重程度选择以下治疗方法：
1.药物治疗：轻症患者可在医生指导下外敷氟尿嘧啶乳膏、咪喹莫特乳膏、他扎罗汀乳膏或重组人干扰素α2b凝胶等药物，以刺激局部皮肤生长、破坏疣体。
2.物理治疗：若药物治疗效果不佳或疣体较多，可考虑采用冷冻疗法（液氮冷冻）或激光疗法（如二氧化碳激光、调Q激光）等物理方法去除扁平疣。由于眼袋部位皮肤娇嫩，医生可能会优先考虑药物治疗以减少对皮肤的损伤。
此外，患者日常应注意饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物，同时保持局部皮肤清洁，避免抓挠，以促进病情恢复。