内分泌失调导致脸上长痘痘时，药物治疗需根据个人情况由医生指导选择。一般来说，以下药物效果较好：
1.抗生素类药物：如米诺环素、多西环素等，适用于细菌感染引起的痘痘，能有效抗菌、抗炎。
2.异维A酸软胶囊：属于维生素类药物，可调节皮脂腺功能，抑制皮脂分泌，改善毛囊微环境，适用于治疗痤疮。
3.雌孕激素类药物：如炔雌醇环丙孕酮，可抑制因雄激素过度分泌引起的炎症反应，有助于消除痘痘。
4.中成药：如排毒养颜胶囊、静心口服液等，具有活血益气、养颜排毒、调节内分泌等功效，适用于热毒蕴结、气滞血瘀引起的痘痘。
请注意，具体用药需在医生指导下进行。同时，保持良好的生活习惯，如规律作息、适当运动、注重面部清洁等，也有助于改善内分泌失调症状，减少痘痘的发生。