瘊子和扁平疣虽然都属于由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的皮肤疾病，但它们在多个方面存在差异。
1.感染病毒类型：瘊子，即寻常疣，主要由HPV1、HPV2、HPV4、HPV7、HPV21等病毒亚型引起；而扁平疣则主要由HPV3、HPV10、HPV28、HPV41、HPV65等亚型感染所致。
2.发病部位：瘊子好发于手指、趾甲边缘、颈部、前额、眼睑、头皮等部位，甚至可称为足底疣、甲周疣等；扁平疣则更常见于面部、四肢等裸露部位。
3.症状表现：瘊子初起多为灰白色丘疹，随病情发展可增大至黄豆或蚕豆大小，表面干燥粗糙；扁平疣则表现为圆形、椭圆形或多边形的扁平隆起性丘疹，颜色多为肤色、粉红色或浅棕色，表面光滑。