多囊卵巢综合征通常不是巧克力囊肿，两者是不同的疾病。
多囊卵巢综合征和巧克力囊肿是两种不同的妇科疾病，分别涉及内分泌及生殖系统。多囊卵巢综合征是一种复杂的内分泌及代谢异常引起的综合症，特征包括慢性无排卵和高雄激素血症，主要表现为月经不规律、不孕、多毛等，是常见的女性内分泌疾病。
巧克力囊肿则是子宫内膜异位症的一种表现，由于月经期间子宫内膜碎片逆流至盆腔，种植在卵巢表面形成囊肿。这种囊肿内含陈旧性积血，呈巧克力状，故得名巧克力囊肿。
虽然部分多囊卵巢综合征患者可能同时患有子宫内膜异位症，但多囊卵巢综合征本身与巧克力囊肿不是等同关系。多囊卵巢综合征引起的月经不规律和无排卵状态与巧克力囊肿形成的机制有所不同。
多囊卵巢综合征主要由卵巢中的多囊样卵泡引起，而巧克力囊肿是由于子宫内膜异位病灶在卵巢表面形成的。尽管巧克力囊肿是一种压迫性疾病，但两者之间的生理和病理过程存在差异。
如果怀疑自己患有上述疾病，需及时就医进行检查和治疗。
