一般情况下，三个月婴儿有眼屎可能是环境因素、睫毛刺激、结膜炎、泪囊、角膜溃疡等原因导致的，可以给婴儿多喝水、保持室内环境温度、遵医嘱使用药物的方法。建议及时就医，遵医嘱进行治疗。具体内容如下：
1、环境因素：婴儿所处的环境如果过于干燥或室内温度过高，可能会导致体内水分蒸发速度过快，眼睛分泌物增多。无明显不适症状。要改善室内环境，保持适宜的温度和湿度。避免给婴儿穿过厚或盖过厚的被子，以免上火。
2、睫毛刺激：部分婴儿可能存在倒睫的情况，即睫毛逆向生长，触及眼球，从而引起眼部异物感、疼痛、流泪等症状，导致眼屎增多，伴有眼部不适的症状。对倒睫的婴儿，家长可以轻轻按摩婴儿的鼻梁处，帮助其鼻泪管畅通。
3、结膜炎：结膜炎通常是由于细菌、病毒等病原体感染所引起的炎症反应。由于炎症刺激，婴儿会表现出眼睛红肿、眼部有异物感、眼屎增多等症状，还伴有畏光的症状。家长可以遵医嘱给婴儿使用硫酸庆大霉素滴眼液、重组人干扰素α2b注射液、利巴韦林滴眼液等药物进行抗炎、抗病毒治疗。
4、泪囊炎：泪囊炎通常是由于排泄泪液的泪道、鼻泪管堵塞引起的。泪液和细菌积聚在位于内眼角皮肤下的泪囊里，导致眼睛分泌物增多，甚至出现红肿等现象。家长可以在医生指导下给婴儿使用鱼腥草滴眼液、普拉洛芬滴眼液、盐酸莫西沙星滴眼液等药物进行治疗。
5、角膜溃疡：角膜溃疡通常是由于意外碰撞或婴儿不自觉地用手揉眼睛时，异物、手指或指甲损伤角膜相应部位，从而被细菌感染所引起的，会导致眼屎增多，并伴有瘙痒的不良症状。家长要在医生的指导下给婴儿使用双黄连滴眼剂、复方硫酸新霉素滴眼液、妥布霉素滴眼液等药物进行抗炎治疗。
当发现三个月婴儿有眼屎时，家长应密切观察症状变化，并注意眼部卫生和护理。
