新生儿肛瘘通常能彻底治愈，但如果病情比较严重，治疗的难度可能增加。如果身体出现不适症状，建议尽快前往医院就诊，然后遵医嘱进行治疗。
针对低位肛瘘，尤其是简单的、未伴有复杂感染或并发症的肛瘘，通过手术治疗，如肛瘘切开术或肛瘘挂线术，大多数情况下能够实现彻底治愈。术后注意伤口护理，保持局部清洁干燥，避免感染，配合医生指导进行康复训练，可以有效促进愈合，降低复发率。
如果新生儿肛瘘的病情严重或复杂，如存在多个瘘管或伴有感染扩散等，治疗起来可能更加困难，需要更长时间的恢复期，甚至可能需要多次手术才能根治。如果治疗不及时或选择了不恰当的治疗方式，可能会导致病情恶化，增加治疗的难度和风险。
在治疗过程中，家长应严格遵医嘱，按时给患儿服药、换药，并注意观察患儿的病情变化。治疗期间和日常生活中，家长应注意保持患儿肛门处的干净和卫生，避免感染。
