一般情况下，新生儿咳嗽两声可能是发育不完善、清理呼吸道、室内过于干燥、上呼吸道感染、支气管炎等原因引起的，需要通过一般治疗、药物治疗等方法对症处理。若有不适，建议及时就医，在医生指导下进行相应治疗。具体分析如下：
1、发育不完善
新生儿刚从母体出来，其呼吸系统发育还未完善，呼吸道黏膜都比较脆弱，容易受到外界的刺激，从而可能出现时不时咳嗽两声的情况。通常无需特殊治疗，家长只需注意观察新生儿的状态，保持室内空气清新，避免刺激性气体的存在。
2、清理呼吸道
新生儿的呼吸道相对较小，容易被黏液或奶水堵塞。咳嗽是身体自然的防御机制，通过咳嗽可以将这些物质排出，保持呼吸道畅通。建议确保喂奶姿势正确，避免奶水反流。
3、室内过于干燥
如果新生儿所处的室内环境过于干燥，可能会引起体内水分减少，导致咽部黏膜出现发干、发痒，从而引起新生儿时不时咳嗽两声。家长要适当调整室内湿度，如使用加湿器，保持新生儿呼吸道黏膜湿润。
4、上呼吸道感染
新生儿免疫系统尚未完全成熟，易受病毒侵袭。上呼吸道感染时，病毒会引起咽喉部炎症，刺激咳嗽反射，可能伴有发热、流涕、打喷嚏等症状。建议在医生指导下使用阿莫西林颗粒、头孢克洛颗粒、磷酸奥司他韦胶囊等药物进行治疗。
5、支气管炎
支气管炎是由细菌或病毒引起的支气管炎症，导致支气管狭窄和分泌物增多，刺激咳嗽反射，咳嗽可能为干咳或伴有痰，有时伴有呼吸困难。建议新生儿遵医嘱使用罗红霉素颗粒、抗病毒颗粒、小儿止咳糖浆等药物缓解症状。
建议家长定期适量给新生儿喂水，少量多次喂点温水，有助于滋润呼吸道，缓解咳嗽症状。
