益生菌作为对人体有益的活性微生物，在食用时需要注意避免与某些食物或药物同时摄入。益生菌不宜与过热的水一同服用，因为高温会破坏益生菌的活性。应避免与抗菌药类、抗生素等药物同时食用，因为这些药物会抑制或杀灭益生菌，降低其功效。此外，含酒精的食物或饮品也应避免与益生菌同时摄入，因为酒精可能会影响益生菌的生长和存活。鞣酸含量高的食物如柿子、茶叶等也不宜与益生菌同时食用，因为鞣酸会吸附益生菌并排出体外，降低其药效。
益生菌的服用时间应根据个人的具体情况和益生菌产品的特性来决定。食用时间应考虑：
1.饭后半小时服用，此时胃酸分泌有所减少，食物停留在胃中可中和胃酸，提高胃内pH值，减少胃酸对益生菌的破坏。因此，临床建议餐后0.5-1小时吃益生菌。
2.吃饭时服用益生菌可以降低胃内酸度，有助于保护益生菌的活性。特别是活菌制剂，与食物同服可以使其更好地耐受胃酸。
3.对于需要改善睡眠或有夜间消化不良症状的人群，可以选择睡前服用益生菌。
同时，服用益生菌时还需注意避免与高温食物或饮品一同摄入，以免影响其活性。对于不同人群，如婴幼儿、孕妇、老年人等，服用益生菌的时间和剂量可能需要根据具体情况进行适当调整。建议不要用开水冲泡益生菌，而是用40度以下的温水，以保持益生菌的活性。