一般情况下，新生儿的生殖器短的原因可能是遗传因素、新生儿较胖、新生儿未完全发育、生殖器发育畸形、克兰费尔特综合征等。出现上述情况，建议及时就医治疗。具体分析如下：
1、遗传因素
如果新生儿的父母或家族中存在生殖器相对较短的情况，那么新生儿生也会出现该情况。这是正常的生理现象，一般不需要特殊处理。
2、新生儿较胖
如果新生儿出生时体重较重，身体较胖，生殖器在外观上可能会显得较短。这主要是由于脂肪层的堆积造成的，而非生殖器本身的发育异常。家长可以通过适当调整新生儿的饮食和增加运动量来帮助新生儿保持健康的体重。
3、新生儿未完全发育
新生儿在出生后，其内分泌系统调节尚不完善，激素分泌较少，因此性器官可能还未完全发育。随着新生儿的成长和发育，生殖器会逐渐长大，达到正常水平。
4、生殖器发育畸形
生殖器发育畸形可能与遗传因素、环境因素、母体妊娠期间的一些因素等有关。生殖器发育畸形会影响生殖器的正常形态和大小，表现为新生儿生殖器短小。可能伴随尿道下裂、阴茎弯曲等症状。需要在医生的指导下采用尿道成形术、阴茎整形术等方法进行治疗，帮助纠正生殖器发育畸形，促进生殖器的正常发育。
5、克兰费尔特综合征
克兰费尔特综合征是染色体异常导致的，会影响新生儿雄性激素的正常产生，进而影响生殖器的正常发育，也会出现上述症状。可能伴随智力发育迟缓等症状。需要听从医生建议使用丙酸睾酮注射液、十一酸睾酮注射液、布洛芬缓释胶囊等药物进行治疗。
平时家长应关注新生儿的体重管理，避免过度肥胖，留意观察新生儿的生殖器发育情况。
